Τα Κύθηρα διαθέτουν σημαντικό φυσικό πλούτο, συνθέτοντας ένα ιδιαίτερα πολυμορφικό μωσαϊκό, που μπορεί να προσφέρει πολλαπλές συγκινήσεις στον επισκέπτη.
Δεν είναι τυχαίο το ότι το μισό περίπου νησί έχει προταθεί για ένταξη στο Ευρωπαϊκό Δίκτυο Προστατευομένων Περιοχών Natura 2000 (κωδικός GR3000007), λόγω της σημαντικής βιοποικιλότητάς του, με πολλά είδη χλωρίδας και πανίδας να είναι ενδημικά, καθώς και της μεγάλης του σημασίας για τα αποδημητικά πουλιά.
Γενικά πάντως πρόκειται για ένα νησί με ποικιλία εναλλασσόμενων τοπίων, καθώς μέσα σε περιορισμένη έκταση συναντάει κανείς πευκοδάση και εκτάσεις όπου κυριαρχούν τα φρύγανα και το θυμάρι, τα οποία δίνουν τη θέση τους σε ελαιώνες, καταπράσινα λαγκάδια και ρεματιές που σχηματίζουν άλλοτε μικρούς καταρράκτες και άλλοτε βάθρες, βουνά με καταπληκτική θέα και πανέμορφες αμμώδεις ή βραχώδεις παραλίες.
Το νησί έχει καταφέρει να παραμείνει σχετικά παρθένο και να μην θυσιαστεί στην ανεξέλεγκτη τουριστική ανάπτυξη, παρέχοντας αξέχαστες διακοπές δίπλα στη φύση, με σεβασμό προς αυτήν και με πολλαπλές επιλογές ψυχαγωγίας και εξερεύνησής της.
Από τα ομορφότερα χωριά τα οποία προσφέρουν την επαφή με τη φύση είναι ο Μυλοπόταμος, παραδοσιακό χωριό με πλούσια βλάστηση και πολλά νερά. Καρδιά του χωριού είναι το ρυάκι το οποίο το διασχίζει, καταλήγοντας στους καταρράκτες της Νεράιδας και στους Μύλους. Στις περιοχές αυτές η φύση οργιάζει, ενώ οι τολμηρότεροι μπορούν να βουτήξουν στα νερά του καταρράκτη ή στις βάθρες και να ακολουθήσουν τη ροή του νερού μέσα στο λαγκάδι με τους νερόμυλους.
Αντίστοιχου κάλλους τοπία συναντάει κανείς και στην περιοχή Πορτοκαλιά του Καραβά στα βόρεια του νησιού, καθώς και στη Βρύση μεταξύ των χωριών των Μητάτων και των Βιαραδίκων, όπου μπορεί κανείς να διασχίσει σχετικά εύκολα τις δύο ρεματιές, κερδίζοντας από την πανέμορφη διαδρομή τους. Αρκετά πιο δύσκολη διαδρομή είναι αυτή δια μέσου του φαραγγιού της Παλαιόχωρας, με το τοπίο να είναι καταπληκτικό αλλά και αρκετά πιο αφιλόξενο. Το φαράγγι αποτελεί πέρασμα αποδημητικών πτηνών, ενώ παρατηρείται αξιόλογη φυτοκοινωνία του κρητικού σφενδάμου αλλά και άλλων ειδών φυτών. Σε κάθε περίπτωση όμως θα πρέπει να λαμβάνονται τα απαραίτητα μέτρα για την ασφάλεια των επίδοξων περιπατητών.
Επίσης σημαντικότατο «πέρασμα» για τα αποδημητικά πτηνά αποτελεί το νησί των Αντικυθήρων. Τα τελευταία χρόνια έχει αναπτυχθεί σημαντική επιστημονική δραστηριότητα από την Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία και λειτουργεί Ορνιθολογικός Σταθμός με αρκετά παρατηρητήρια πουλιών, προσφέροντας μία εναλλακτική μορφή τουρισμού στο νησί και προωθώντας τη βιώσιμη ανάπτυξή του.
